Od XIII do XVIII wieku Biskupi krakowscy posiadali duże posiadłości ziemskie - 19 kluczy, w tym m.in Lipowiec, Siewierz, Kielce, Muszynę. Łącznie 12 miast i 263 wsie oraz dobra ziemskie w Krakowie. Lipowiec, jeden z najstarszych kluczy, obejmował 12 wsi i osiem folwarków z zamkiem jako centrum administracyjnym. Klucz lipowiecki należał też do najlepiej zagospodarowanych, znajdowały się tam także kopalnie rud metali i „Kuźnice” (huty).
Dodatkowy koszt szedł na ozdobę dworu biskupa w postaci utrzymywanego przezeń najemnego wojska nadwornego. Stanowiły je chorągwie dragonów, tzw. kozaków (pancernych) i chorągwie piechoty, łącznie około 800 żołnierzy. Biskup Piotr Gembicki jako książę siewierski miał również prawo do posiadania własnego wojska zaciężnego w tym państwie (nie wchodzącym wówczas formalnie w skład Rzeczypospolitej). Wojsko to biskup powołał tylko raz — w 1651 roku w celu stłumienia ruchów chłopskich na Podhalu. Podczas powstania Chmielnickiego, a później w czasie „potopu\", biskup zwiększał swoje wojska nadworne i oddawał do dyspozycji Rzeczypospolitej. W 1651 r. dowódcą wojska biskupiego był pułkownik Wilhelm Jarocki, w 1652 piechotą dowodził kapitan Leonard Wagner. Niestety bliższych wiadomości o nadwornych chorągwiach biskupa źródła nam nie przekazały.
Już latem 1648 roku powiększył swoje wojsko i zobowiązał się utrzymać na obronę Krakowa 700 piechoty. W 1651 roku wystawił przed wyprawą berestecką 800 piechoty i 200 pancernych, przeznaczając na to wojsko aż 800 000 zł.
Jednak najgłośniejszy był udział biskupa w poskromieniu buntu Kostki Napierskiego. Ten wiosną 1651 roku zjawił się na Podhalu i mieniąc się pułkownikiem królewskim z rozkazem werbowania chłopów (po odejściu szlacheckiego pospolitego ruszenia pod Beresteczko) na obronę południowych granic państwa, 14 VI zajął zamek w Czorsztynie. Pod pozorem swej rzekomej misji królewskiej wysłał do Krakowa, do biskupa Gembickiego, list z prośbą o działa i amunicję do obrony fortecy. Biskup nie dał się oszukać i — licząc się z możliwością podobnego jak na Ukrainie powstania — przystąpił do przygotowania obrony. Zarządził mobilizację szlachty w swoim księstwie siewierskim oraz wzmocnił załogi w Krakowie i Muszynie. Pod Czorsztyn wysłał 60 dragonów ze starostą dobczyckim Michałem Jordanem, zaś do króla pod Sokal posłał gońca z prośbą o posiłki. Dragoni nie zdołali opanować Czorsztyna i 18 VI wrócili do Krakowa. Wobec tego biskup niezwłocznie wysłał pod Czorsztyn swoją dragonie nadworną z Krakowa (280 ludzi), z Siewierza (200 ludzi) i stacjo nujących w Muszynie 100 harników z dwoma działami, wezwał też na pomoc załogę ze spiskiej Lubowli (2 działa i 150 ludzi), nadto z Muszyny 23 VI dodatkowo przybyła dragonia biskupia z rotmistrzem Dąbrowskim (ok. 200 ludzi). Ksiądz Stanisław Kaszkowski, pleban z Łodygowic k. Żywca, przysłał około 70 górali żywieckich.
W ten sposób ok. 1000 zbrojnych z działami (tj. z oddziałów biskupich: 1 chorągiew kozacka [pancerna] szlachty siewierskiej, 4 chorągwie pieszych dragonów, 1 chorągiew konnych dragonów, 1 harników, zaś z sił starosty Jordana: 2 chorągwie kozackie, 1 pieszych dragonów i 1 harników), otoczyło Czorsztyn. 26 VI król wysłał z obozu z pomocą ok. 3000 konnych z Michałem Zebrzydowskim, miecznikiem koronnym. W tej sytuacji Czorsztyn, broniony przez 40 zbójników Napierskiego, został zdobyty 24 VI. Sami chłopi wydali Napierskiego, którego niebawem (18 VII) skazano na okrutną śmierć przez wbicie na pal i stracono tegoż dnia.
W lipcu 1655 r. Szwedzi zaatakowali Rzeczpospolitą; biskup dał na obronę Krakowa 800 piechoty, ale dopiero w sierpniu, na gorące prośby królowej Ludwiki Marii, sprowadził do obrony Krakowa 300 harników muszyńskich. W kolejnych latach potopu wojska biskupa brały udział w wyzwalania kraju spod okupacji szwedzkiej m.in. zdobycie Nowego Sącza i Krosna.
Następcy biskupa Gembickiego także nie uchylali się od wspierania Rzeczypospolitej. Podczas wojny z Turcją biskup Trzebicki w 1672 roku — jako jedyny z biskupów — wysłał regiment piechoty (500 ludzi) na obronę Kamieńca Podolskiego. Jak świadczy relacja dowódcy tego regimentu, majora Kwasiborowskiego, żołnierze ci dzielnie walczyli; podczas generalnego szturmu na Kamieniec 26 VIII poległo ich 40, a 60 postrzelono, zaś podczas opuszczania zamku, na skutek wysadzenia prochów zginęło aż 187 żołnierzy, w tym 7 oficerów, a 21 ciężko rannych musiano zostawić na łaskę Turków w Kamieńcu i Jagielnicy, zatem regiment stracił w walce aż 308 ludzi. Także rozpoczęcie w 1676 roku budowy obronnego kościoła parafialnego w Muszynie dobrze świadczy o trosce biskupa Trzebickiego o obronność.
Podobnie jego następca Jan Małachowski (były żołnierz spod Beresteczka) podczas odsieczy wiedeńskiej w 1683 roku na własny koszt wzmocnił piechotą muszyńską w liczbie 300 szczupły garnizon Krakowa, złożony z niespełna 100 żołnierzy piechoty węgierskiej.
Ponadto biskup Małachowski był Fundatorem i patronem chorągwi husarskiej, a faktycznym dowódcą był Stanisław Małachowski. Żołnierze chorągwi znaleźli się w kompucie wojsk koronnych pod Wiedniem w 1683 r. (118 koni) i wzięli udział w wojnie polsko-tureckiej 1683-1699.
Z kolei dzięki ordynacji biskupa z 1647 r. mamy dokładny opis powinności ciążących na mieszczanach i chłopach poddanych Biskupa, w tym interesujących obowiązków spoczywających na ludności, związanych z obroną. Między innymi każdy kmieć miał posiadać na własny koszt broń palną z amunicją, szablę, siekierę, ładownicę (zatem na wzór piechoty wybranieckiej), każdy komornik miał mieć kosę osadzoną na sztorc. Obie kategorie ludności wiejskiej miały służyć pieszo w razie potrzeby za żołdem po 6 złp miesięcznie. Nadto kres na własny koszt musiał utrzymywać harników pieszych (jako rodzaj policji). Wreszcie sołtysi z dóbr klucza mieli tworzyć dragonie biskupią z własnym koniem, uzbrojeniem i umundurowaniem. Za służbę każdy sołtys miał otrzymywać 10 złp miesięcznie — w razie, gdyby służba miała trwać dłużej, biskup obiecał żołd odpowiadający płacy zaciężnych chorągwi cudzoziemskiego autoramentu. Biskup zastrzegł, że dragonia sołtysia miała być użyta w charakterze milicji tylko w celu obrony klucza, nie wolno jej było używać w wojnach poza granicami Rzeczypospolitej.
Opracował na podstawie dostępnych źródeł: Maciej Waligóra
